人体免疫系统的主要作用是识别和消除外来抗原，倘若免疫系统错误的攻击自身正常成分，则可能导致自身免疫性疾病(autoimmuneinflammatorydisease，AID)的发生。
自身免疫性疾病主要包括系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、强直性脊柱炎、多发性硬化病等70余种疾病。
据统计，中国目前自身免疫疾病患者数量约在万左右。自身免疫性疾病难以治愈，一旦患病，大多数患者需要长期甚至终身服药，且部分疾病(如狼疮肾病)病情凶险，严重影响患者的生活质量，甚至威胁患者生命安全。
骨关节炎
骨关节炎是一种影响关节的退行性疾病。随着时间的推移，保护关节、防止骨头相互摩擦的软骨会断裂。这也会导致骨骼的退化，引起疼痛、僵硬和最终的不能动弹。这种情况通常会影响臀部、膝盖和拇指，有些案例也会影响肘部、手腕、脚踝和手指。
软骨无法进行自我更新，人出生时体内只有这么多细胞，这意味着当这些细胞死亡之后，没有新的细胞取代它们。因此，关节和骨骼会退化。这就是干细胞介入的地方，它可以转化成许多不同类型的特殊细胞，所以有能力变成软骨细胞，更新曾经不可更新的软骨。
脑卒中
最近的研究表明，干细胞治疗脑卒中(中风)患者也很有希望。
斯坦福大学的一项令人震惊的研究几乎完全逆转了中风对SoniaCoontz的毁灭性影响，SoniaCoontz在31岁时就遭受了脑部损伤。在经历坐轮椅和语言障碍的两年后，她决定参加一项临床试验，该试验利用来自供体的成体干细胞直接注射到中风部位附近的大脑区域。
干细胞治疗后的几个小时内，她能够移动手臂和腿——而在此之前，她几乎完全无法动弹。她和她的医生也注意到她的语言表达有了快速的改善——同样，仅仅几个小时。该项研究的其他患者也发生了惊人的改善，唯一的副作用是“短暂头痛”。研究人员表示，这只是一次试验，只是一个很小的试验，但他们感到震惊。
年，异体骨髓来源的间充质干细胞产品MultiStem治疗中重度缺血性脑卒中的II期临床取得积极成果，证明了可行性和安全性，相关成果发表在顶级期刊TheLancetNeurology上。
该疗法的原理是，从患者自身的骨骼中提取骨髓细胞，然后注入他们的血液，当这些细胞能够进入大脑时，有望帮助大脑愈合。
试验结果表明，脑卒中患者对MultiStem的耐受性良好，无严重副作用事件。患者接受治疗后炎症细胞因子显著减少，加速免疫系统恢复。
年9月17日，发表在STEMCELLS上的一项I期扩展试验结果首次证明了早期使用自体骨髓单个核细胞(MNCs)治疗急性缺血性脑卒中患者的安全性和可行性。
心脏病
心脏病仍然是全球的头号杀手，根据最新发表的《中国心血管病报告》报告，我国冠心病患者有万，肺原性心脏病患者万，心力衰竭患者万，风湿性心脏病患者万，先天性心脏病患者万，且发病人数和死亡人数逐年上升。
干细胞治疗心脏病的最大好处是它能够取代受损或死亡的细胞，而不需要侵入性手术或移植。注射干细胞可以给身体提供原位生长特殊细胞所需的成分。
年5月16日，NatureNews报道称，日本卫生部允许大阪大学的医生提取干细胞衍生的组织薄片，并将其用于治疗心脏病患者。在临床前研究中，研究小组确定由iPS细胞生成的细胞移植薄片可以改善心脏功能。
糖尿病
I型和II型糖尿病具有不同的发病机制。I型糖尿病是遗传性的，是由于胰腺不能产生胰岛素，或者产生的胰岛素太少。这很可能是由于免疫系统紊乱，身体攻击自己的胰岛-即负责制造胰岛素的胰腺细胞。在这种情况下，干细胞可以提供与其他自身免疫疾病相同的免疫系统调节作用。
II型糖尿病是指身体对胰岛素产生抵抗力。胰腺可能仍然正常运作，但是患者的身体感觉不到，这意味着血液中胰岛素的释放仍然不会促使细胞吸收葡萄糖。它仍然留在血液中，引起危险的高血糖症，就像它在I型糖尿病中一样。
第二种情况也可能对干细胞治疗有反应，干细胞治疗可以帮助胰腺适度分泌胰岛素，并帮助身体更有效地对胰岛素做出反应。
脱发
秃顶远非生死攸关，但许多人非常关心自己的头发。幸运的是，干细胞为全天然的头发再生铺平了道路——通过从头皮上移除毛囊，分离出干细胞，并将这些毛囊连同干细胞一起注入头皮。
这种疗法的精髓在于，通过提供头发再生所需的营养物质和最初产生头发所需的毛囊，促使原先没有头发或秃顶的头皮部分生长。
白血病
白血病是影响淋巴系统和骨髓的另一种癌症。白血病细胞癌变，影响免疫系统，引起一系列的症状，最终导致未经治疗的死亡。这是最常见的儿童癌症，但也影响不同年龄的成年人。
然而，干细胞疗法带来了巨大的希望。治疗方法包括首先用高剂量化疗杀死白血病细胞，有时还需要放疗。在大部分癌细胞被击败后，患者接受干细胞输注来帮助身体重新恢复，这样就可以再次制造正常的血细胞。
脊椎损伤
脊髓损伤或切断是人体最严重的创伤之一。取决于受伤发生的部位，患者可能再也不能走路，甚至不能移动手臂。长期以来，这种创伤是完全无法弥补的。虽然近年来的一些神经外科手术让患者恢复了部分功能，但结果仍然常常令人失望。
干细胞为这部分患者的未来带来了巨大的希望。在这其中，干细胞提供了替代受损神经的能力，而不是试图修复受损神经。通过将干细胞注射到损伤部位，脊柱可以自我修复，获取正常运作所需的所有成分。
结合生长因子和激素，干细胞能够前往受伤部位“重建”功能，然后干细胞分化为特定的细胞，与受损组织整合并修复。
自身免疫疾病
当然，类风湿性关节炎不是唯一的自身免疫疾病。存在大量自身免疫疾病，如糖尿病、多发性硬化、狼疮、爱迪生氏病、格雷夫斯病等。
这些情况都具有人体免疫系统对体内正常物质做出反应的特征，这意味着免疫系统不会让身体正常运转，而是会攻击组织，造成持续的疾病，在许多情况下，最终导致死亡。
干细胞疗法在自身免疫疾病中有两个潜在的益处。首先，它可以帮助修复和再生在自身免疫攻击中受损的组织。干细胞可以帮助他们修复神经、皮肤、血液、器官等。这有助于患者恢复健康，对抗这类疾病的退化
干细胞具有免疫调节、低免疫原性、配型要求不严格等特性，对免疫重建具有重要的作用，而这些特性都赋予了干细胞疗法广阔的疾病治疗前景，在对抗疫情中，“间充质干细胞降低COVID-19严重程度的可能性”、“间充质干细胞治疗新冠病毒引起的重症肺炎有效性临床研究”等多个有关干细胞疗法治疗新冠肺炎的应急科技攻关项目纷纷立项。
随着科技的不断发展,干细胞疗法在基础研究和医学领域的优势已日趋显现，将会极大地推动再生医学向前迈进,越来越多的患者也会因此受益。
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